Aufgrund der Eingleisigkeit ist die Betriebsqualität und Pünktlichkeitssituation auf der Strecke unbefriedigend. Die Marschbahn stellt die einzige Anbindung der Insel Sylt an das übrige Verkehrsnetz dar. Hierfür werden neben herkömmlichen Zügen des Fern- und Nahverkehrs auch Autozüge zwischen Niebüll und Westerland via Hindenburgdamm genutzt. Zur Steigerung der Betriebsqualität und Erhöhung der Pünktlichkeit ist der zweigleisige Ausbau zwischen Niebüll und Klanxbüll vorgesehen.